Leider sind während der Umbauzeit 2007/2009 zahlreiche Lehrmittel der naturwissenschafltichen Fächer im Zwischendepot unbrauchbar geworden und fehlen daher im täglichen Unterricht von Biologie, Chemie und Physik. 

Die Ausstattung der Schule mit Lehrmitteln fällt bei einer Privatschule in die Zuständigkeit des Schulträgers. Aufgrund der besonderen Vertragssituation ist am Haller Gymnasium die Stadt Hall in Tirol die Trägerin des Sachaufwandes. Dafür hebt auch die Stadt Hall das Schulgeld von den Eltern ein. Mit dem Schulgeld werden die Gebäudekosten (Errichtungs- und Betriebskosten), die Gehälter des nicht lehrenden Personals (Reinigungskräfte, Schulwart, Schularzt/ärztin, Sekretärin) und schließlich auch die für den Unterricht notwendigen Lehrmittel bezahlt.

Nach Aussage der Vertreter der Stadt Hall ist ein Ersatz der fehlenden Lehrmittel derzeit aufgrund der angespannten Budgetsituation nicht möglich.